最近事あるごとに思うのですが、会社でが外部発注している各種システムの値段って、その設備構成やソフトウェア開発量で決まるのではなく、何を扱うのかによって決まってる気がします。
「そのシステムで扱うモノ」を人質に取られて身代金を要求されているような感じがして、なんかしっくりこないです。
メーカにおいて、下請けさんに開発を委託する際は、（少なくとも一回目は）「Function Point法（ソフトウェアが持つ機能数を元にした見積方式）」を元に費用が決められることが多いです。
機能数（＝開発規模）をベースに費用が決まるので、個人的にはこちらのほうがしっくりきます。（見積にも、しっかりどれだけのFPがあるのか明示されて出てきます。）
まあ、二回目以降の追加開発等では「作りを知っている」「既に入ってしまっている」ことによって、強気な見積が出てくることが多いんですけどね。
何事にも、足元を見られないように大事なところは自分で押さえておくことは大事だと思います。